Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) stellt Biofilme mikroskopisch dar, wodurch sie in Ausdehnung, Dicke und Lokalisation messbar werden.

FISH ist ein molekularbiologisches Verfahren, das die Wirksamkeit von antimikrobiellen Substanzen auf Biofilme visualisiert und direkt messbar macht. Kultur-unabhängig wird der Effekt mit räumlicher Auflösung quantifizierbar: Wo wirkt die Substanz? Wie wirkt sie? Verbleiben überlebende Mikroorganismen? Wie Zeit- und Dosis-abhängig ist der Abtötungsprozess im Biofilm?

Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) visualisiert und misst den Effekt von antimikrobiell beschichteten Oberflächen gegen Mikroorganismen und Biofilme. So wird Kultur-unabhängig der Effekt z.B. von beschichteten Implantatoberflächen gegen Bakterien mit räumlicher Auflösung quantifizierbar.

Für Forschungsanwendungen entwickeln und optimieren wir nach Bedarf individuelle FISH-Sonden und -Testsysteme. Dies umfasst Flow-Chamber-Systeme (Durchflusskammern) bis hin zu Gewebeproben.

Für die Identifikation von Reinkulturen oder Mikroorganismen in Geweben bieten wir die klassische pan-bakterielle Amplifikation des 16S rRNA Gens mit nachfolgender Sequenzierung nach Sanger an. Bei der PCR (Polymerase Chain Reaction) werden Teilbereiche der Erbsubstanz der Mikroorganismen (z.B. Teile des 16S rRNA-Gens) vervielfältigt und anschließend durch Sequenzierung die Identität der Mikroorganismen analysiert.

Bei gemischten Biofilmen kombinieren wir die FISH mit Mikrobiomanalysen, die alle in einer Probe vorhandenen Mikroorganismen (das gesamte Mikrobiom) analysieren. Mikrobielle DNA lässt sich sehr sensitiv und Kontaminations-arm aus in Methacrylat-eingebetteten Proben amplifizieren. Die Interpretation der FISH gemeinsam mit den Sequenzergebnissen erhöht die Treffsicherheit bedeutend.